Le prologue, situé en 1123, met en scène la pendaison d'un jeune homme roux, accusé de vol. À l'issue de l'exécution, une jeune fille enceinte, ayant assisté à la scène, écœurée par cette injustice, maudit alors le chevalier, le moine et le prêtre ayant condamné le pendu, et s'enfuit.
L'histoire démarre par les péripéties d'une famille de bâtisseurs (Tom, son épouse Agnès, son fils Alfred et sa fille Martha). Tom le Bâtisseur est un maçon pauvre, mais respectable, qui travaille à la construction d’une nouvelle maison pour le jeune propriétaire terrien William Hamleigh, que ses parents espèrent marier à dame Aliena, fille du comte de Shiring. Mais Aliena le repousse et William, jeune homme impétueux et égoïste, interrompt avec rage les travaux. Les ouvriers se retrouvent licenciés, à la fin de l’été, Tom et sa famille n’ont d’autre choix que de prendre la route pour chercher du travail. Ils parcourent le sud de l'Angleterre. Toujours sur les routes en hiver, après avoir été attaqués par des brigands, Tom et sa famille rencontrent dans la forêt Ellen, une jeune femme éduquée vivant en hors-la-loi dans la forêt avec son fils Jack. Peu après, l’épouse de Tom, Agnès, meurt dans la forêt après avoir donné naissance à leur troisième enfant. Tom ne peut pas nourrir le bébé et le laisse sur la tombe de sa mère, emmenant avec lui ses autres enfants. Mais pris de remords, Tom fait demi-tour. Le bébé a disparu, emporté par un prêtre, le frère Philip. Tombée amoureuse de Tom, Ellen décide de le suivre avec son fils Jack. Alfred est immédiatement hostile à Jack, dont il envie les connaissances. Contrairement à lui, Jack a appris à lire et est intelligent. Leur chemin de famine et de pauvreté les mène au projet de construction d'une nouvelle cathédrale à Kingsbridge, objet d'un conflit entre le prieur Philip et son évêque Waleran Bigod.
Le frère de Philip, Francis, également prêtre, est le secrétaire de Robert, comte de Gloucester et fils bâtard du roi Henry I. Henry avait demandé avant sa mort aux barons d’Angleterre, y compris Robert, Étienne de Blois (Stephen, de son nom anglais, dans la traduction française), et Bartholomew, comte de Shiring, de soutenir l’accession au trône de sa fille, Mathilde l’Emperesse (appelée ici impératrice Maud). À la mort d’Henry, cependant, Stephen s’empare du trône. Francis sait que son maître et le comte Bartholomew projettent une insurrection armée contre Stephen ; pensant que Stephen aurait de meilleures relations avec l’Église, il demande à Philip de trouver un moyen de prévenir Stephen, éventuellement par l'entremise de l’évêque de Kingsbridge. Comme il ne peut rencontrer l’évêque, Philip révèle ce secret à son archidiacre, le rusé et ambitieux père Waleran Bigod. Waleran dévoile l’affaire à sir Percy et lady Hamleigh, suggérant qu’ils peuvent s’attirer les faveurs de Stephen en arrêtant le comte Bartholomew avant qu’il ne mette son projet à exécution.
Les Hamleigh, humiliés par le refus d’Aliena d’épouser William, sont trop heureux de pouvoir causer la chute de son père. Ils réussissent à prendre par la ruse le château du comte, qui est arrêté et envoyé à Winchester pour y être jugé. Aliena et son frère Richard restent au château de leur père, incertains de l’avenir. Sir Percy est nommé comte de Shiring en récompense de ses actions. William est envoyé au château pour y préparer l’installation de ses parents. Trouvant Aliena et Richard dans les lieux, il viole Aliena et force Richard à regarder son crime. Le frère et la sœur réussissent à s’échapper en volant les chevaux de William et de son serviteur Walter. Aliena parvient à rencontrer le comte Bartholomew, proche de la mort dans sa geôle. Bartholomew demande à Aliena de jurer qu’elle n’aura pas de repos avant que Richard ne devienne comte et récupère les terres de Shiring. Sans le sou et abandonnée de tous à l’exception de son frère, Aliena envisage de se lancer dans le commerce de la laine, et rencontre le prieur Philip, qui lui achete sa laine à un prix honnête ce qui permet à la jeune fille d’acquérir des liquidités pour commencer son commerce. Par la suite, Ellen et Tom s'installent ensemble, sans être mariés, et Jack tombe amoureux d’Aliena.
L’histoire avance alors de 4 ans. Le prieur Philip a réussi à faire de Kingsbridge une ville prospère, mais la guerre qui fait rage entre Mathilde (Maud) et le roi Etienne (Stephen) limite son développement. Sous la tutelle de Tom, Jack est devenu un talentueux tailleur de pierre et le chantier de la cathédrale avance bien. William Hamleigh et le frère d’Aliena, Richard, combattent tous les deux pour Stephen, financés l’un par le comté de Shiring et l’autre par le commerce fructueux d’Aliena. Pendant l’été, Aliena tombe amoureuse de Jack. La rivalité entre Alfred et Jack n’est pas allée en s’atténuant et Tom est contraint de renvoyer l’un deux. Jack est renvoyé, mais a l’opportunité de demeurer à Kingsbridge en devenant le contremaître du chantier sous le contrôle de Philip, à condition de devenir moine.
Quand sir Percy meurt, William s’aperçoit que les finances du comté sont au plus bas, en partie parce que le commerce de Kingsbridge empiète sur celui de Shiring. William attaque alors Kingsbridge, brûlant une grande partie de la ville et notamment le commerce d’Aliena. Tom est tué dans l’attaque. Aliena, qui n’a plus de revenus pour financer l’équipement de son frère, est contrainte d'épouser Alfred, devenu un riche maître maçon, en échange de son engagement à payer les dépenses de Richard. Aliena fait l’amour avec Jack juste avant d’épouser Alfred, et Jack quitte l’Angleterre, le cœur brisé. Ellen maudit le mariage d’Aliena et d’Alfred.
Alfred persuade Philip de le laisser remplacer le toit en bois de la cathédrale par une voûte de pierre. Les murs ne sont pas assez solides pour ce projet et l’église s’effondre, tuant 79 personnes le jour de sa consécration. Dans les ruines, Aliena donne naissance à un bébé dont les cheveux roux ne laissent subsister aucun doute sur l’identité du père. Fou de rage, Alfred la jette dehors. Ellen va trouver Aliena et lui conseille de partir à la recherche de Jack, qui s’était mis en route vers Compostelle pour trouver du travail. Pendant son pèlerinage, Jack a rencontré des savants et des mathématiciens maures à Tolède et a participé à la construction de la basilique de Saint-Denis près de Paris, ce qui lui a permis d’apprendre à édifier des croisées d’ogives et des ogives. Aliena le retrouve à Saint-Denis. En passant par Cherbourg, Jack apprend que son père venait de cette ville (le nom « Shareburg » étant l’anglicisation de « Cherbourg »Note 1), et il y rencontre sa grand-mère, des cousins et des membres de sa famille. Revenant à Kingsbridge avec la statuette d'une Vierge qui pleure et des dons pour reconstruire la cathédrale, il est nommé maître maçon ; malheureusement le prieur Philip ne peut pas unir Jack et Aliena, puisqu’elle est toujours mariée à Alfred. Philip ordonne qu’ils vivent séparés jusqu’à ce que le mariage d’Alfred et d’Aliena soit invalidé, ce qui d’après lui ne devrait pas prendre plus d’un an.
Sept ans plus tard, l’évêque Waleran Bigod et les Hamleigh forment une équipe décidée à œuvrer pour le déclin de Kingsbridge et l'éviction de Philip et d’Aliena. Ils ont tenté d’édifier une cathédrale à Shiring, mais ont dû abandonner le projet faute de moyens. Jack et Aliena vivent toujours séparés, car Waleran empêche l'archidiocèse de Cambridge de déclarer nul le mariage d’Aliena. Alfred s’est installé à Shiring où il construit des maisons, mais retourne à Kingsbridge, appauvri, quand le travail vient à manquer ; en souvenir de Tom, Jack lui donne un travail à la cathédrale.
Richard a rejoint l’armée du fils de Maud, Henri, comte d’Anjou, qui appuie ses prétentions au trône d’Angleterre. Quand Henri envahit l’Angleterre avec son armée, il parvient à un accord avec Stephen : il succédera au roi, et toutes les propriétés du royaume devront revenir à ceux qui les possédaient avant l’avènement de Stephen – y compris le comté de Shiring. Richard, considéré par les habitants de la région comme le « comte légitime », a beaucoup de hors-la-loi (la plupart des paysans chassés), sous sa bannière, mais des forces insuffisantes pour reprendre le château de Shiring tenu par William. Aliena se lie d’amitié avec la jeune épouse de William, Elisabeth, et aide Richard à prendre le château, tenant enfin la promesse faite à son père. Par la suite, Alfred succombe à sa jalousie envers Jack et à sa concupiscence envers Aliena. Il tente de la violer et Richard, qui surprend la tentative de viol, le tue. William Hamleigh, qui est entre-temps devenu shérif de Shiring, veut arrêter Richard mais le prieur Philip obtient de Stephen le pardon de Richard en échange d'un départ pour la croisade. Richard échappe ainsi à William et laisse Aliena diriger le comté. Libérée d’Alfred, elle peut enfin épouser Jack.
De nombreuses années passent. La cathédrale de Kingsbridge est enfin achevée, dans le « style français », et devient connue à travers toute l’Angleterre pour sa beauté. C’est la première cathédrale gothique en Angleterre. Jack a résolu un problème épineux – les contraintes exercées par le vent provoquaient des fissures dans le triforium – en inventant l’arc-boutant. C’est alors que l’évêque Waleran accuse publiquement Philip de népotisme et de rupture du vœu de chasteté. Il allègue que Jonathan, l'enfant que Tom le bâtisseur a abandonné et qui a été recueilli et élevé par les moines, serait le fils illégitime de Philip. Jack fait le lien entre Jonathan et le bébé abandonné de Tom ; Ellen intervient alors et jure devant la cour que Jonathan est le fils de Tom. L’évêque Waleran l’accuse de mentir sous serment, elle l’accuse en retour de parjure ayant causé la mort de son amant, le père de Jack. On apprend alors que Percy Hamleigh, Waleran Bigod, et l’ancien prieur de Kingsbridge, James, ont planifié ensemble l’élimination de Jack Shareburg pour dissimuler le fait que le naufrage de la Blanche-Nef masquait un assassinat organisé par les barons qui, en éliminant le seul héritier mâle direct du roi, voulaient semer le désordre en intronisant un roi qu’ils pourraient facilement contrôler. Sali par ce scandale, Bigod vit le restant de ses jours comme un humble moine.
William Hamleigh, quant à lui, arrive à sa fin. Il rejoint un groupe qui veut assassiner l’archevêque de Canterbury, Thomas Becket. Le prieur Philip se trouve avec Becket quand l’assassinat a lieu. Témoin de la scène, il profite des sentiments de rage et d’injustice éprouvés par la population et lui-même pour conduire une "croisade" contre les "barbares qui ont commis ce crime horrible", élevant Becket au rang de saint et de martyr. Hamleigh est arrêté par le fils d’Aliena, accusé de sacrilège, jugé et pendu pour avoir porté la main sur un prêtre, primat d'Angleterre et de plus dans sa cathédrale. Le Pape jette l’interdit sur les possessions normandes d’Henri, jusqu’à ce que le roi Henri se repente et soit symboliquement flagellé par les évêques d'Angleterre, dont Philip (devenu évêque de Kingsbridge). À la fin, l’auteur conclut qu’avec la soumission du roi à cette humiliation, l’autorité royale n’est plus absolue.
Trois évènements principaux initient les intrigues.
- La construction de la cathédrale de Kingsbridge, un enjeu économique et politique très important : elle donnerait à la ville de Kingsbridge un prestige (et par là-même une prospérité) considérable. Elle est pour cela voulue par le prieur Philip, qui affrontera avec détermination tous les obstacles financiers, matériels et politiques. C'est aussi la passion du bâtisseur Tom, et plus tard celle du fils de Ellen, Jack. Or, l'évêque Waleran voit d'un mauvais œil cette puissance naissante susceptible d'échapper à son contrôle et de lui faire de l'ombre ; en cela ses intérêts convergent avec ceux de William Hamleigh, fou de rage à l'idée de voir Kingsbridge acquérir une importance économique qui ne pourrait que nuire à ses intérêts.
- Les ambitions d'une famille de petite noblesse, les Hamleigh, pour la possession du prospère comté voisin de Shiring (au départ gouverné par le comte Bartholomew). Suivent les manœuvres de cette famille, opposée aux héritiers légitimes Aliena et Richard pour acquérir (ou conserver) le contrôle de ces terres.
- Survient ensuite la guerre civile, entre les deux héritiers Stephen et Maud, qui dresse de nouveaux obstacles et exacerbe les tensions dans la région. Car les protagonistes se retrouvent embarqués dans ce conflit, et se disputent la bienveillance du camp qu'ils soutiennent.
On peut ainsi relever deux camps principaux :
- Celui du prieur Philip, des héritiers Aliena et Richard et de la famille de bâtisseurs (Tom, Jack et Ellen). Il est favorable à la construction de la cathédrale de Kingsbridge et à la reconnaissance de Richard comme comte de Shiring.
- Celui de l'évêque Waleran et des Hamleigh, qui cherchent (par tous les moyens) à empêcher leurs adversaires d'arriver à leurs fins.
À noter que ces protagonistes ne sont pas réellement affiliés dans la guerre civile, au sens où ils cherchent les faveurs du camp le plus puissant (or chaque côté a tour à tour l'avantage dans cette guerre).